Firenze, 1503. Leonardo e i suoi assistenti preparano il simulacro che vivrà la vita del Maestro. In attesa del fulmine che alimenti la macchina che animerà il simulacro e creerà una copia della mente del suo modello originale, Leonardo inizia a prepararsi alla missione per la quale sta per rinunciare alla sua vita.
Città Immortale, 1960.
L'arrivo di Tesla, Stark e Richards ha interrotto la battaglia. Leonardo spiega ai tre, sconvolti dal vedere macerie ovunque, che è in corso una guerra di uomini ed idee. Newton approfitta della distrazione di Leonardo per attaccarlo alle spalle, ma Stark lo disarma. Newton é furioso, urla che la guerra è tra i fedeli e chi ha smesso di credere, ma Michelangelo interviene. Rivela che la Fonte della Giovinezza è esaurita, la promessa di Newton ai suoi seguaci è vana. Così la Confraternita decide che ci sarà un processo, le due idee verranno messe a confronto è sarà Leonida a giudicare. Newton e Leonardo sono collegati ad una macchina che Tesla alimenta fornendo lo spirito e Stark azione fornendo la verità. La macchina rivela i dubbi di Leonardo e la sua speranza, e rivela la certezza di Newton e i suoi crimini, incluso l'assassinio di Galileo. Newton urla che farebbe di tutto, che ogni azione giustifica il suo fine, ha dimostrato quando finirà il mondo, nonostante Richards, Stark e Tesla dicano di aver visto che non sarà così. Un seguace di Newton gli lancia un casco, Newton attiva una tuta con le ali simile a quella di Leonardo e scompare. Michelangelo conferma che Newton è fuggito nel futuro e loro dovranno seguirlo.
Più tardi, Stark completa una macchina per registrare le sue memorie, ma Richards rifiuta di farlo, lui sa che tornerà a casa.
Nello studio di Newton, Nostradamus cerca Dell,'elisir di lunga vita insieme al Figlio delle Stelle. Questi parla il linguaggio della matematica. Prima semplice aritmetica, poi algebra, calcolo e matematica sempre più complessa. Nello studio trova la matematica silenziosa di Newton, la comprende e si scatena in una furia distruttrice.